印度尼西亚各大岛屿多江河湖泊，内河航行在交通上起着重要作用，苏门答腊的穆西河、加里曼丹的卡普阿斯河、马哈卡姆河、巴里托河都是重要的内河航行水道，在南加里曼丹的马辰市，船是每家每户尤其是农户必不可少的交通工具，在伊里安查亚，沿海或河流两岸的居民，独木舟是他们的重要工具，据统计，1995年，印度尼西亚内河客运量为6000多万人次，货运量11600多万吨。

印度尼西亚是群岛国家，岛屿分散，因此海上交通占有极为重要的地位，1995年，印度尼西亚有各类航运公司2300多家，拥有各类船只6万多艘，载重吨位340多万吨，港口总数392个，主要的港口有丹戎不碌、丹戎佩拉、勿老湾、望加锡，1995年，这四个港口的货物总装卸量达到7883万吨，在各主要岛屿之间，都有定期客轮或轮渡相通，从爪哇去苏门答腊岛，旅客可在爪哇西部北端的孔雀(Merak)港搭乘轮渡，穿过翼达海峡，到达苏门答腊南部楠榜省的巴果亥尼(Bakauheni)港，整个航程约需两小时，如从爪哇岛去巴厘岛，则从爪哇岛东端的外南梦(Banyuwangi)搭乘轮渡穿过巴厘海峡，到达巴厘岛西端的吉利马奴克(Gili-mauuk))，这两处的渡轮较大，不仅载客，也渡载旅客的汽车，印度尼西亚的空中交通比较发达，印度尼西亚国营鹰记(Garuda)航空公司是全国最大的航空公司，拥有飞往新加坡、马来西亚、泰国、香港、中国、巴基斯坦、欧洲和北美的航线，其次有鸽记航空公司、布拉克航空公司、曼达拉航空公司、申巴迪航空公司，均经营国内国际航班，1996年，各航空公司共拥有各型飞机约850架，国内客运量达2448万人次，货运量26万吨;国际客运量1094万人次，货运量25万吨，印度尼西亚各大中城市均建有大型机场总数达146个，各类小型机场400个，最大的是首都雅加达的苏加诺一哈达国际机场，其次是泅水的朱安达机场、万隆的侯赛因·沙斯特拉乃加拉机场、巴厘的奴拉雷机场、棉兰的波罗尼亚机场及日惹的阿迪·苏吉普多机场。

印度尼西亚许多城市之间都有定期航班，雅加达与泅水、棉兰、登巴萨等城市之间，每天均有数个航班飞行，有的甚每小时便有一个航班，十分便利，印度尼西亚与国际上35个城市通航，另外，新、马、泰、菲、中国(包括香港和台湾)、巴基斯坦、荷兰、法国、英国、美国的航空公司在雅加达国际机场设有代表处，游客想搭乘这些国家和地区航空公司的航班也很方便。