印度尼西亚各大城市中，交通最拥挤的是首都雅加达，该市现有各种机动车辆200万辆，车多而道路设施不足，常常造成上下班高峰期道路拥塞，若遇天下大雨，拥塞情况更为严重，因此如有约会，人们在时间上必须留有足够的提前量，每当发生车辆拥塞时，常会有一些十几岁的男孩出来帮助疏通交通，顺便向通行的车辆收取一点儿小费。

虽然印度尼西亚拥有私车的人不少，但公共汽车仍是大多数城市居民出行的主要交通工具，在雅加达，公共汽车分成小公共和大公共、普通经济车和高级空调车等多种，普通公共汽车票价低，但一般都很拥挤，印度尼西亚的公共汽车业都由私营企业经营，乘客不能买月票，公共汽车的站牌不很醒目，常令初到印度尼西亚的人不知在哪儿等候上车，各丈城市的出租汽车业都比较发达，游人随时可在路边招手叫车，出租汽车车顶都有\"Taxi，，标志，一般都为计程车，价枯比较便宜，司机会给客人开出收据，在印度尼西亚坐出租汽车，不需另付小费，在雅加达等大城市还可租用自开的出租车，但需注意印尼的行车规则是靠左行，此外，很多城市都有拉脚的摩托车，自行车在雅加达的主要街道已经绝迹，街道上也根本没有自行车道，但在其他城市，尤其是中小城市，仍有不少人以自行车为代步工具，在有“学生城”之称的日惹市，学生三五成群骑着自行车上学成为该市街头一景。

迄今为止，印度尼西亚的城市中尚无地下铁道。